MES流程生产企业主要采用混合、分离、粉碎、加热等物理或化学方法处理原材料，使其增值，通常以批量或连续的方式进行生产；而离散制造企业则通过对原材料物理形状的改变、组装，使其成为产品并增值。在MES需求、应用环境等诸多方面,两者都有较大的差异。

   (1) 产品结构。MES流程生产企业的产品结构往往不是固定的，上下级物料之间的数量关系可能随温度、压力、湿度、季节、人员技术水平、工艺条件不同而不同。在流程生产企业MES中，一般基于配方来描述这种动态的产品结构关系。在流程生产企业每个工艺过程中，伴随产出的不只是产品或中间产品，还可能细分为主产品、副产品、协产品、回流物和废物。MES在描述这种产品结构配方的时候，还应具有批量、有效期等方面的要求。而离散制造企业的产品结构，可以用“树”进行描述，其最终产品一定是由固定个数的零件或部件组成，这些关系非常明确并且固定。

   (2) 工艺流程。MES流程生产企业的特点是品种固定、批量大、生产设备投资大，且按照产品进行布置。通常，流程生产企业设备是专用的，很难改作其他用途。MES系统规划的时候，要结合不同行业生产设备布置的特点进行配置。原材料和产品通常是液体、气体、粉状等，采用罐、箱、柜、桶等进行存储，存储数量可以用传感器计量，MES系统通过有关传感器获得必要的信息。而面向订单的离散制造业，其特点是多品种和小批量，生产设备的布置不是按产品而是按照工艺布置。例如，离散制造业往往要按车、磨、刨、铣等工艺过程来安排机床的位置。因为每个产品的工艺过程可能不一样，且可以进行冋一种加工工艺的机床有多台。因此，离散制造业需要对所加工的物料进行调度，且中间品需要进行搬运。原材料主要是固体，产品也为固体形状。因此，存储多为室内仓库或室外露天仓库。

   (3) 自动化水平。MES流程生产企业大多采用大规模生产方式，生产工艺技术成熟，广泛采用过程控制系统，控制生产工艺条件的自动化设备比较成熟。因此，流程生产企业生产过程多数是自动化的，生产车间的人员主要是管理、监视和设备检修。

而离散制造企业由于是离散加工，产品的质量和生产率很大程度依赖于工人的技术水平。企业自动化主要在单元级，如数控机床、柔性制造系统。因此，离散制造企业一般是人员密集型企业，自动化水平相对较低。

   (4) 生产计划。MES流程生产企业，主要是大批量生产。只有满负荷生产，企业才能降低成本，在市场上具有竞争力。因此，在流程生产企业的生产计划中，年度计划更为重要，决定了企业的物料需求。而离散制造企业主要从事单件、小批量生产，产品的工艺过程经常变更，需要具有良好的计划能力。对于按订单组织生产的企业，由于很难预测订单在什么时候到来。因此，对采购和生产车间的计划就需要很好的生产计划系统，特别需要计算机来参与计划系统的工作。只要应用得当，针对离散制造企业在生产计划系统方面投资所产生的效益相当商 。

   (5) 设施设备。MES流程生产企业的产品比较固定，一旦生产，有可能十多年不变，设备是一条固定的生产线，设备投资比较大、工艺流程固定。其生产能力有一定的限制，生产线上的设备维护特别重要，不能发生故障。离散机械制造企业的产品，寿命相对要小得多，可以单台设备停下来检修，并不会影响整个系统生产。

   (6)批号管理和跟踪。MES流程生产企业的生产工艺过程中，会产生各种协产品、副产品、废品、回流物等，对物资的管理需要有严格的批号。例如，制药业中的药品生产过程要求有十分严格的批号记录和跟踪，从原材料、供应商、中间品以及销售给用户的产品，都要求进行记录。一旦出现问题，企业也可以通过批号反查出是谁提供的原料、哪个部门且在何时生产的，直到查出问题所在。而离散制造企业一般对这种要求并不十分强调，虽然现在很多离散制造企业也在逐渐完善批号跟踪管理方式。